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La flore intestinale, nouvel en jeu de santé

La flore intestinale, nouvel en jeu de santé
Septembre 2014
Le Particulier Pratique n° 404, article complet.
Auteur : DELFAU (Vincent)

Les compléments alimentaires et les yaourts contenant des probiotiques ont-ils des vertus sanitaires ? Certains scientifiques reconnaissent qu’ils peuvent apporter une aide ; d’autres le contestent. Le débat est loin d’être clos…

Cent mille milliards de bactéries nichent dans notre intestin. C’est dix fois le nombre de cellules composant notre organisme. Associées à des champignons et à des virus, ces bactéries constituent le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale. Cet écosystème complexe se met en place dès notre naissance – les bébés nés par césarienne ont un microbiote différent de celui des enfants nés par voie basse – et remplit de multiples fonctions. “Il joue un rôle dans notre rapport aux microbes. Ces derniers passent leur vie à se battre entre eux. Les nôtres nous protègent contre les micro-organismes extérieurs”, indique Didier Raoult, professeur de microbiologie à la faculté de médecine de Marseille. Le microbiote tient donc une place importante dans la régulation du système immunitaire. Il contribue également à produire de l’énergie et des vitamines à partir de ce que nous mangeons. Mais ses fonctions ne s’arrêtent pas là.

Le microbiote, un continent noir

 “Pendant longtemps, les scientifiques ont considéré que ce microbiote ne jouait pas un grand rôle dans la physiologie, relate le Dr Harry Sokol, gastro-entérologue à l’hôpital Saint-Antoine, à Paris. Depuis 15 ou 20 ans, on a pris conscience qu’il avait des fonctions très intéressantes. C’est comme si l’on avait découvert un continent, qu’il faut explorer, et cela a des conséquences sur le plan intestinal, mais aussi extra-intestinal.” Défricher cette terre vierge exige de nombreux travaux, des études par centaines pour tenter de déterminer l’implication exacte des microbes de notre intestin dans le fonctionnement de notre organisme.
Le séquençage génétique des bactéries du microbiote est l’un des outils qui ont rendu possibles les récentes avancées. Toutes les bactéries – il y en a des dizaines de genres – qui colonisent l’intestin n’ont pas encore été identifiées, et le rôle de celles qui le sont déjà n’est pas toujours très clair. Le séquençage a permis de dénombrer quelque 3 millions de gènes dans le microbiote intestinal, soit 150 fois plus que dans le génome humain.
Des chercheurs ont divisé le microbiote en trois grands groupes génétiques, caractérisés par un genre bactérien dominant : Bacteroides, Ruminococcus et Prevotella. Les êtres humains se répartiraient au sein de ces trois entérotypes, comme pour les groupes sanguins. Cependant, cette classification, publiée dans la prestigieuse revue Nature en avril 2011, ne fait pas l’unanimité. “Elle est à la fois controversée et simpliste, résume le Dr Sokol. Ce qui est certain, c’est que le microbiote est différent d’un individu à l’autre, comme les empreintes digitales. Il y a, toutefois, des composantes communes : certaines bactéries sont présentes chez tout le monde. C’est, par exemple, le cas de Faecalibacterium prausnitzii, l’une des plus prévalentes.”

La cause et la conséquence de maladies extra-intestinales

Si la répartition du microbiote en trois familles ne coule pas forcément de source, l’observation de sa composition n’en est pas moins riche d’enseignements. “On voit des différences entre la composition du microbiote d’un patient souffrant d’une maladie inflammatoire de l’intestin et celui d’une personne saine, reprend le Dr Sokol. On en observe également dans les cas d’obésité, de diabète, d’atteintes hépatiques ou de maladies neurologiques.” Ces différences de composition sont, à la fois, la cause et la conséquence d’une pathologie déjà développée. “Prenons l’exemple de l’obésité. Il est évident que si l’on adopte un régime alimentaire la favorisant, la flore s’adapte en conséquence. Mais si l’on met la flore intestinale d’une souris obèse dans une souris saine, cette dernière devient obèse à son tour. Il est donc probable que le microbiote joue un rôle dans la maladie, et réciproquement”, explique le Dr Sokol.

Une communication entre l’intestin et le cerveau

Encore plus étonnant, les effets produits par le microbiote ne se limiteraient pas à l’intestin. Certains chercheurs évoquent, en effet, l’existence d’une communication bidirectionnelle entre l’intestin et le cerveau. Nous avons tous déjà remarqué que le stress pouvait provoquer des maux de ventre. “C’est parce que le microbiote peut moduler les fonctions cérébrales, avance Harry Sokol. Si l’on injecte le microbiote d’une souris agressive dans le tube digestif d’une souris calme, celle-ci devient agressive à son tour. Le rôle du microbiote sur le système nerveux central émerge peu à peu et ouvre des perspectives thérapeutiques formidables. C’est comme si l’on était passé à côté d’un organe essentiel pendant des années”, s’enthousiasme le gastro-entérologue.
Première application pratique des récentes découvertes : la transplantation de la flore intestinale dans les infections à Clostridium difficile, qui donne des résultats intéressants. “Ce type de transplantation est également testé chez les personnes diabétiques. En leur injectant le microbiote d’un sujet mince, leur sensibilité à l’insuline s’améliore. De quoi penser que le microbiote a une incidence sur le métabolisme”, suggère le Dr Sokol. D’après certains travaux, il pourrait même être impliqué dans une multitude de maladies : atteintes neuro-dégénératives, cancers, autisme, etc. Partant, il est tentant d’imaginer la prise en charge d’un grand nombre de pathologies simplement en modifiant la composition de la flore intestinale. “Le problème, c’est que l’on ne sait pas très bien définir ce qu’est un microbiote normal”, tempère le Dr Sokol.

Une barrière contre les infections

Par ailleurs, peu d’hypothèses émises sur les fonctions du microbiote sont validées. Aux yeux du microbiologiste Didier Raoult, l’engouement entourant la flore intestinale n’est qu’une mode. “Les scientifiques n’ont aucune imagination, déplore-t-il. Le monde entier a dépensé des milliards autour du microbiote, donc nombreux sont ceux qui s’y intéressent et entament des travaux à partir d’hypothèses trop précises.” Pour le chercheur, il est certain que le microbiote joue un rôle dans la nutrition et la protection contre les infections. “Le reste est spéculatif. Aucune étude sérieuse ne montre que le déséquilibre du microbiote se traduit par des maladies concernant autre chose que le tube digestif. De même, il n’existe pas d’entérotype d’obèse. J’ai étudié des microbiotes d’Amazoniens, de Saoudiens et de Français. Les différences entre les génotypes relevaient de la géographie, pas de l’obésité”, assure-t-il.
Quelle que soit l’étendue de ses conséquences – qu’elles portent uniquement sur le tube digestif ou également sur d’autres organes –, la composition du microbiote a indubitablement des répercussions sur la physiologie. Ainsi, la destruction de certaines bactéries intestinales, et donc le déséquilibre de la flore, due à la prise d’antibiotiques risque d’entraîner des difficultés digestives. Dès lors, il pourrait être bénéfique d’ingérer des bactéries chargées de rééquilibrer la composition du microbiote. C’est le rôle des probiotiques, définis par l’Organisation mondiale de la santé comme des micro-organismes vivants (bactéries, levures, parasites et virus) qui, absorbés en quantité suffisante, ont des effets positifs sur la santé.

Le monde médical reste prudent

“Les bactéries bonnes pour la santé”, “Les compléments indispensables à votre bien-être” n’hésitent pas à titrer certains journaux, jugeant peut-être un peu trop globalement l’action de ces micro-organismes, censés nous permettre d’aller mieux. De fait, “le seul rôle des probiotiques démontré sur le plan médical est la protection contre les gastro-entérites. L’Ultra-levure, par exemple, est donnée depuis des années dans le traitement des diarrhées et se révèle efficace”, souligne le Pr Raoult. “Quelques probiotiques sont prescrits en cas de diarrhées, notamment celles provoquées par la prise d’antibiotiques, ou de troubles fonctionnels intestinaux, confirme le Dr Sokol. Certains – non disponibles en France – sont testés contre la rectocolite hémorragique ou la maladie de Crohn. Cependant, ils occupent toujours une place modérée dans l’arsenal thérapeutique. Ils peuvent parfois apporter une aide, mais ne doivent pas être mis en concurrence avec d’autres traitements. Par ailleurs, le microbiote possède une grande capacité de résilience : il revient spontanément à son état normal après avoir été perturbé. Dès lors, la prise de probiotiques peut sembler superflue.”

Rien n’est scientifiquement prouvé

Il n’empêche. Les industriels proposent pléthore de gélules composées de différentes bactéries. Y en a-t-il de plus efficaces que d’autres ? Non, tranche le Pr Didier Raoult :“Il n’existe aucun intérêt démontré de ces compléments alimentaires.” L’enthousiasme des praticiens est tout aussi mesuré en ce qui concerne les probiotiques contenus dans les produits lactés (voir en complément associé : “Pas d’allégations santé pour les probiotiques”). “On voit qu’ils font du bien à certains patients, mais on ne sait pas s’ils sont vraiment utiles, insiste le Dr Harry Sokol. D’autant que les yaourts industriels ne sont guère comparables aux produits artisanaux. Ils pourraient même se révéler délétères.”

Le yaourt enrichi, facteur de prise de poids ?

“Autrefois, les yaourts contenaient plusieurs types de microbes, réunis dans une population mixte, explique le Pr Raoult. Aujourd’hui, ils en renferment un ou deux, clonés à des milliards d’exemplaires. Il faudrait que les industriels apportent la preuve que ces bactéries de compétition n’entraînent pas un risque de prise de poids.” Dans ses travaux, le microbiologiste a, en effet, montré que certaines bactéries favorisaient le surpoids, voire l’obésité. “Depuis des décennies, le secteur de l’élevage utilise des probiotiques pour faire grandir et grossir les animaux. Je ne dis pas que les industriels vendent des produits destinés à l’homme qui font grossir. Je leur demande simplement de procéder à des tests permettant de vérifier l’innocuité de leurs bactéries.”
Évidemment, rien ne s’oppose à ce que vous consommiez quelques yaourts renfermant des probiotiques – d’ailleurs, votre médecin traitant vous l’a sûrement déjà recommandé – en cas d’inconfort intestinal passager. Par contre, il ne serait pas salutaire de généraliser la prise de produits enrichis, qu’il s’agisse de laits fermentés, de yaourts ou de compléments alimentaires.

Vincent Delfau


Mots-clés :

ALIMENTATION , MEDICAMENT , SANTE , YAOURT




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